Пещера летучих мышей является средой обитания остроухой ночницы. Данный вид летучих мышей занесен в красную книгу, и проживание остроухой ночницы в наших широтах очень удивительно, т.к. чаще они встречаются в теплых странах: Индии, Индонезии, Таиланде, Египте. Всего в пещере обитает более десяти тысяч особей. На зимовку Мыши перебираются в соседнюю пещеру, более благоприятную для зимовки.
Кроме летучих мышей, в пещере было найдено множество археологических находок, следы пребывания древнего человека.
Пещера летучих мышей занесена в список особо охраняемых памятников природы Алтайского края. Самостоятельные осмотры пещеры запрещены, возможны только организованные групповые посещения в сопровождении научных сотрудников, т.к. в пещере по прежднему проводятся археологические раскопки.